نُسب كتاب (خواص القرآن) إلى الإمام أبي عبدالله جعفر بن محمد الصادق(عليه السلام) في النسخة المخطوطة، فقد جاء على صفحتها الأولى : كتاب خواصّ القرآن العظيم،لجعفر الصادق (الله) عنه ونفع به. ثم جاء بعد البسملة اسم الإمام الصادق(عليه السلام)موصلاً نسبه إلى أمير المؤمنين علي بن أبي طالب (عليه السلام).